공동사업자 단독명의 변경 절차 동업해지 세무

공동대표 동업 종료 시 폐업 없이 기존 사업자번호를 유지하며 1인 단독 명의로 변경하는 사업자등록 정정 서류와 동업해지계약서, 소득세 정산법을 정리했어요.

이 글은 2026-08-28 기준 공개 공고와 기관 안내를 다시 확인해 정리한 실무 가이드입니다. 실제 적용 가능 범위는 지역, 업종, 신청 시점, 예산 소진 여부, 제출처 요구사항에 따라 달라질 수 있으며 검토 기준은 편집 및 검증 원칙에서 공개합니다.

TL;DR

지인이나 가족과 함께 50:50 공동대표로 매장을 운영하다가 의견 차이나 개인 사정으로 한 사람이 사업에서 손을 떼고 나갈 때, 사업장을 폐업하고 새로 사업자등록을 내야 하는지 고민하는 사업자가 많습니다. 결론부터 정리하면 폐업할 필요가 전혀 없으며, 국세청 홈택스에서 사업자등록 정정신고(공동대표 구성원 변경)를 통해 기존 사업자등록번호와 통장, 카드 가맹점 계약을 그대로 유지하면서 1인 단독 대표 명의로 변경할 수 있습니다.

단, 명의를 깔끔하게 정리하려면 동업해지계약서와 탈퇴자의 인감증명서를 갖추어 세무서에 제출해야 합니다. 또한 탈퇴하는 날까지 발생한 사업장 이익에 대해 지분율대로 소득세를 나누어 내야 하며, 남아 있는 대표가 나가는 동업자에게 지급한 지분 정산금에 영업권(권리금) 성격이 포함되어 있다면 원천징수 세무 처리까지 마쳐야 향후 세금 분쟁을 원천 차단할 수 있습니다.

폐업 없이 기존 사업자번호를 유지하는 사업자등록 정정 원칙

부가가치세법 시행령 제14조에 따르면 개인사업자의 대표자 변경은 원칙적으로 폐업 사유이지만, 공동사업자의 구성원이 변경되거나 공동대표 중 일부가 탈퇴하여 1인 단독 사업자로 전환되는 경우는 법적으로 정당한 사업자등록 정정 사유에 해당합니다.

따라서 다음과 같은 막대한 행정적 이점을 그대로 누릴 수 있습니다.

사업자등록번호 유지: 카드 단말기 가맹점 계약, 포털 지도 등록, 배달앱 입점 정보, 공공기관 계약 실적을 해지 없이 그대로 승계합니다.
임대차계약서 승계: 건물주와 기존 보증금 및 월세 조건 그대로 임차인 명의만 단독으로 변경하는 변경계약서를 작성하면 됩니다.
부가세 연속성 유지: 사업장이 계속 존속하므로 폐업 부가세 확정신고를 별도로 할 필요 없이 정기 부가세 신고 기간에 처리합니다.

구분	사업자등록 정정 (단독 전환)	폐업 후 신규 사업자등록
사업자등록번호	기존 번호 100% 그대로 유지	새로운 사업자번호로 변경
카드단말기/배달앱	별도 신규 가입 없이 명의만 변경	전 가맹점 해지 후 신규 재등록 (수주일 소요)
사업 업력 및 신용도	기존 업력 및 대출 승계 유지	신규 창업으로 취급되어 대출 연장 어려움
폐업 부가세 신고	별도 폐업신고 불필요	폐업일 다음 달 25일까지 폐업 부가세 확정신고
필요 서류	동업해지계약서, 인감증명서, 임대차계약서	폐업신고서, 신규 임대차계약서, 신규 등록신청서

동업해지계약서 필수 기재사항과 세무서 제출 서류

세무서 민원실이나 국세청 홈택스에 단독 명의 변경을 신청할 때 가장 중요한 핵심 서류는 동업해지계약서(합의서)입니다.

동업해지계약서에는 반드시 다음 5가지 내용이 포함되어야 세무서에서 반려 없이 즉시 승인됩니다.

동업 해지 일자: 몇 년 몇 월 몇 일 자로 공동사업 관계를 종료하는지 명시.
지분 정리 및 잔여 재산 처리: 탈퇴하는 공동대표의 지분을 잔존 대표에게 얼마에 양도·정산하는지 기재.
채무 및 조세 연대책임 한계: 해지일 이전까지 발생한 채무와 세금은 기존 지분율대로 부담하고, 해지일 이후 발생하는 모든 권리·의무는 잔존 대표가 단독 부담함을 명시.
인감 날인: 탈퇴자와 잔존자 모두의 인감도장 날인.
첨부 서류: 탈퇴하는 대표자의 인감증명서 1부 (본인서명사실확인서로 대체 가능), 변경된 단독 명의 부동산 임대차계약서 사본, 기존 사업자등록증 원본.

탈퇴일 기준 소득세 분배와 지분 정산금 세무 처리

동업을 끝낼 때 가장 얼굴을 붉히기 쉬운 부분이 바로 ‘세금 정산’입니다.

소득세법 제43조에 따르면 공동사업장에서 발생한 소득은 지분율에 따라 각 공동사업자별로 분배되어 각자의 종합소득세로 과세됩니다.

탈퇴일까지의 사업소득 안분: 1월 1일부터 탈퇴일(예: 8월 31일)까지의 매출과 경비를 가결산하여 나온 소득금액은 기존 동업 지분율(예: 50:50)대로 나누어 다음 해 5월 각자의 종합소득세로 신고합니다.
탈퇴일 이후의 사업소득: 9월 1일부터 12월 31일까지 발생한 소득은 단독 대표가 된 1인이 100% 가져가 소득세를 냅니다.
지분 정산 시 영업권(권리금) 주의사항: 만약 남아 있는 대표가 나가는 동업자에게 당초 투자원금 외에 매장 가치 상승분(권리금) 명목으로 3,000만원을 얹어주었다면, 이는 세법상 기타소득(영업권)에 해당하므로 8.8% 원천징수를 하고 지급해야 나중에 남은 대표가 5년간 경비로 인정받을 수 있습니다.

공동사업자 단독 변경 신청 3단계 홈택스 경로

세무서에 방문하지 않고 홈택스에서 비대면으로 접수하는 방법은 다음과 같습니다.

홈택스 로그인 및 사업자등록 정정 메뉴 접속: 홈택스 국세증명·사업자등록·세금관련 신청/신고 -> 개인 사업자등록 정정 메뉴로 들어갑니다.
공동사업자 구성원 변경 선택: 정정 항목 중 공동사업자 구성원 및 지분율 변경을 체크하고, 탈퇴할 공동대표의 주민등록번호를 삭제한 뒤 잔존 대표자의 지분율을 100%로 수정합니다.
첨부서류 업로드 및 완료: 스캔한 동업해지계약서, 탈퇴자 인감증명서, 단독 명의로 수정된 임대차계약서를 첨부하여 전송합니다.

관할 세무서 담당자가 서류를 검토한 후 1~2일 내로 처리가 완료되며, 홈택스에서 새로운 단독 명의의 사업자등록증을 즉시 출력할 수 있습니다.

공동대표 단독 전환 시 사업주 점검 체크리스트

동업자 간에 지분 정산 금액과 동업 해지 기준일을 최종 합의했어요.
동업해지계약서를 작성하고 탈퇴자의 인감도장을 날인했어요.
탈퇴자의 3개월 이내 발급된 인감증명서를 수령했어요.
건물주와 상의하여 임대차계약서상의 임차인 명의를 단독으로 수정했어요.
국세청 홈택스에서 사업자등록 정정(공동대표 변경)을 접수했어요.
탈퇴일 기준 가결산 장부를 작성하여 향후 5월 소득세 신고 자료로 보관했어요.
사업자 통장 및 카드 가맹점 대표자 명의 변경을 은행과 카드사에 통보했어요.

남는 질문

동업자가 세금을 안 내고 도망가면 제가 다 내야 하나요?

국세기본법상 공동사업을 영위하던 기간 동안 발생한 부가가치세와 소득세에 대해서는 공동대표 전원이 연대납세의무를 집니다. 따라서 동업 관계가 유지되던 시기에 발생한 세금을 상대방이 체납하면 세무서에서 내 통장을 압류할 수 있으므로, 동업 해지 시 미납된 세금이 없는지 완납증명서를 확인하고 정산해야 안전합니다.

4대보험 직장가입자 자격은 어떻게 바뀌나요?

공동대표 2인 모두 직장가입자로 가입되어 있었다면, 탈퇴하는 대표자는 당일 자로 직장가입자 자격상실 신고를 하고 남은 대표자는 단독 대표 직장가입자로 유지됩니다.

공동사업자 중 1명이 새로 들어오는 경우도 동일한가요?

네, 기존 1인 사업장에 새로운 동업자가 들어와 공동사업자로 바뀌거나, 2인 공동사업장에 제3자가 추가되는 경우에도 폐업 없이 동업계약서를 첨부하여 동일하게 사업자등록 정정신고로 처리할 수 있습니다.

출처 및 마지막 확인일

이 글은 2026-08-28에 부가가치세법 시행령 제14조(사업자등록 사항의 변경), 소득세법 제43조(공동사업에 대한 과세특례), 국세청 사업자등록 정정 실무 지침을 종합 확인하여 작성했습니다. 공동대표 탈퇴에 따른 사업자등록 정정 승인 및 소득세 분배 확정은 관할 세무서의 서류 심사를 기준으로 최종 결정됩니다.

공동사업자 단독명의 변경 절차, 동업해지와 지분정리 세무 처리법